دوره دکترای علوم اعصاب شناختی پژوهشکده از سال تحصیلی 1385 با همکاری دانشگاه های علوم پزشکی دانشگاه تهران و شهید بهشتی برگرار شده است.  به علاوه، در کنارارتباط های معمول با موسسه هایی که در زمینه های مشابه فعالیت می کنند – برای مثال، عضویت در شبکه تحقیقات علوم اعصاب ایران –  پژوهشکده با  دانشکده روانشناسی و علوم تربیتی دانشگاه تهران  نیز برای برگزاری مشترک دوره های کارشناسی ارشد و دکترا به توافق رسیده است.  در خارج از ایران، پژوهشکده تفاهم نامه های همکاری بین المللی با دانشگاه فلوریدای آمریکا (پژوهش در زمینه سیستم های ارزیابی ارایه خدمات سلامت روان)  و با دانشگاه زوریخ سوئیس (همکاری در زمینه علوم رایانه با گرایش شناختی و هوش مصنوعی) امضا کرده است.  این تفاهم نامه ها امکان تبادل تجربه ها و یافته های علمی، برقراری همکاری میان اعضای گروه های علمی و نیز دانشجویان، و انجام پروژه های تحقیقاتی و آموزشی مشترک بر اساس اولویت های طرفین را فراهم می کند.