اجرای طرح های پژوهشی بخش مهمی از فعالیت های پژوهشکده علوم شناختی را تشکیل می دهد. این طرح ها را می توان به دو گروه کلی پایان یافته و در دست اجرا تقسیم نمود. فهرست نام طرح ها به همراه نام اجرا کنندگان و همکاران آنها در زیر می آید: